΄Συγκεκριμένα, το Ανώτατο συνταγματικό δικαστήριο έκρινε ότι κατά παράβαση του άρθρου 13 παράγραφος 1 του Συντάγματος και των άρθρων 9 της ΕΣΔΑ και 2 του Πρώτου Πρόσθετου Πρωτοκόλλου της ΕΣΔΑ δεν προβλέπεται η δυνατότητα απαλλαγής από τον εκκλησιασμό μαθητών νηπιαγωγείων και δημοτικών σχολείων για λόγους θρησκευτικής συνείδησης, κατόπιν σχετικής δήλωσης των γονέων τους.
Παράλληλα, σύμφωνα με την απόφαση της Ολομέλειας, “κατά παράβαση των ίδιων διατάξεων, προβλέπεται η δυνατότητα απαλλαγής από την πρωινή προσευχή μόνο των μαθητών άλλου δόγματος και όχι και άλλων μαθητών (άλλου θρησκεύματος, άθεων, αγνωστικιστών) που έχουν λόγους θρησκευτικής συνείδησης για απαλλαγή”.
Από την άλλη πλευρά, το ΣτΕ έκρινε ότι είναι σύμφωνη με το Σύνταγμα η πρόβλεψη για εκκλησιασμό και πρωινή προσευχή σε νηπιαγωγεία και δημοτικά σχολεία. Κατά τους ανώτατους δικαστικούς λειτουργούς «η προσευχή και ο εκκλησιασμός στο πλαίσιο της εκπαιδευτικής διαδικασίας συνιστούν, όπως και η διδασκαλία του μαθήματος των θρησκευτικών, αναγκαία μέσα, με τα οποία υπηρετείται ο συνταγματικός σκοπός της αναπτύξεως της θρησκευτικής συνείδησης των Ελλήνων κατ’ άρθρο 16 παρ. 2 του Συντάγματος».