Διορίστηκε ως 56ος υπουργός Εξωτερικών στις 21 Σεπτεμβρίου από τον Νίξον και υπηρέτησε από τις 23 Σεπτεμβρίου 1973 έως τις 20 Ιανουαρίου 1977 (για πρώτη φορά το ίδιο πρόσωπο ως ΥΠΕΞ και Σύμβουλος Εθνικής Ασφάλειας από το 1969 μέχρι τα τέλη του 1975). Υπήρξε βασικός διαμορφωτής της αμερικανικής εξωτερικής πολιτικής στα χρόνια του Ψυχρού Πολέμου, έχοντας πιστωθεί την προσέγγιση με τη Μόσχα και το Πεκίνο, αλλά αντίστοιχα και τη στήριξή του στο πραξικόπημα Πινοσέτ στη Χιλή το 1973. Έθεσε σε εφαρμογή την αμερικανική Realpolitik. Επί θητείας του Κίσιντζερ στο ΥΠΕΞ των ΗΠΑ έγινε η τουρκική εισβολή στην Κύπρο.
Πιο συγκεκριμένα, ο Κίσιντζερ είχε λάβει επίσης και το αμφιλεγόμενο Νόμπελ Ειρήνης το 1973 για τη διευκόλυνση του τερματισμού της στρατιωτικής ανάμειξης των ΗΠΑ στον πόλεμο του Βιετνάμ. Επίσης, έδινε το 1975 το «πράσινο φως» στον Σουχάρτο της Ινδονησίας να εισβάλει στο Ανατολικό Τιμόρ που είχε πρόσφατα ανεξαρτητοποιηθεί από την Πορτογαλία, προκειμένου να μην πέσει στα χέρια της σοβιετικής πλευράς. Οι δυνάμεις της Ινδονησίας, εξοπλισμένες από τις ΗΠΑ, προκάλεσαν πάνω από 185.000 νεκρούς στο Ανατολικό Τιμόρ.
Επί Νίξον, το 1968, όπου και τον επέλεξε για Σύμβουλο Εθνικής Ασφάλειας, αρχίζει να συνδέεται με αποφάσεις και ενέργειες των ΗΠΑ για τις οποίες υπάρχουν κατηγορίες περί εγκλημάτων πολέμου.
Συγκεκριμένα, διατάσσεται σαρωτικός βομβαρδισμός της Καμπότζης στο τέλος του 1970, προκειμένου να μην καταφεύγουν εκεί Βιετκόνγκ που πολεμούσαν τους Αμερικανούς στο Βιετνάμ. Ο Κίσιντζερ φέρεται να μετέφερε τις εντολές του Νίξον επί λέξει ως «ό,τι πετάει, να χτυπήσει ό,τι κινείται», με κόστος από 50.000 ως 150.000 ανθρώπινες ζωές. Πολλά στελέχη της περιόδου έχουν περιγράψει την ενεργή εμπλοκή του στην επιλογή στόχων βομβαρδισμού.
Εκατοντάδες χιλιάδες νεκροί είναι το αποτέλεσμα των εσωτερικών αναταραχών στον εμφύλιο του Πακιστάν το 1971. Περίπου 10 εκατομμύρια κάτοικοι στα ανατολικά της χώρας έγιναν πρόσφυγες στην Ινδία.
To 1976, ακολουθεί το πραξικόπημα Βιντέλα στην Αργεντινή που ανατρέπει την Ισαμπέλ Περόν. Ο Κίσιντζερ θεωρείται αυτός που προέτρεψε ενεργά την στρατιωτική χούντα να «καθαρίσει» ταχέως όλους τους πολιτικούς της αντιπάλους.
Με σκωπτικό τρόπο σχολιάζει τον θάνατο του Χένρι Κίσιντζερ το εμβληματικό αμερικανικό περιοδικό «Rolling Stone». «Ο Χένρι Κίσιντζερ, εγκληματίας πολέμου κι αγαπημένος της Αμερικανικής κυρίαρχης τάξης, επιτέλους πέθανε», είναι ο τίτλος της είδησης, με την κεφαλίδα του άρθρου να συμπληρώνει: «Η δυσφημία του αρχιτέκτονα της εξωτερικής πολιτικής του Νίξον βρίσκεται αιώνια, δίπλα σε αυτή των χειρότερων μαζικών δολοφόνων της ιστορίας. Μια βαθύτερη ντροπή επικρατεί στη χώρα που τον γιορτάζει». Όπως γράφει το «Rolling Stone», «ο ιστορικός του πανεπιστημίου Yale Greg Grandin, συγγραφέας της βιογραφίας “Kissinger’s Shadow”, εκτιμά ότι οι ενέργειες του Κίσινγκερ από το 1969 έως το 1976, μια περίοδο οκτώ σύντομων ετών όταν ο Κίσινγκερ έκανε την εξωτερική πολιτική του Ρίτσαρντ Νίξον και στη συνέχεια του Τζέραλντ Φορντ ως σύμβουλος εθνικής ασφάλειας και υπουργός Εξωτερικών, σήμαινε το τέλος μεταξύ τριών και τεσσάρων εκατομμυρίων ανθρώπων…» λέει με αναφορά στα γεγονότα της Καμπότζης, της Χιλής, του Ανατολικού Τιμόρ, του Πακιστάν και του Μπαγκλαντές.
«Οι Κουβανοί λένε ότι δεν υπάρχει κακό που να διαρκεί εκατό χρόνια και ο Κίσινγκερ προσπαθεί να τους αποδείξει ότι κάνουν λάθος», είπε ο Γκράντιν στο Rolling Stone λίγο πριν πεθάνει ο Κίσινγκερ. «Δεν υπάρχει αμφιβολία ότι θα χαιρετιστεί ως ένας μεγάλος γεωπολιτικός στρατηγός, παρόλο που κατέστρεψε τις περισσότερες κρίσεις, οδηγώντας σε κλιμάκωση», αναφερόμενος στα γεγονότα της Καμπότζης, της Χιλής, του Ανατολικού Τιμόρ, του Μπαγκλαντές. Ο αρθρογράφος καταλήγει: «Ο Κίσιντζερ έζησε για πάνω από μισό αιώνα στον κόσμο που είχε φτιάξει. Ήταν η ύβρις της. Έβλεπε ότι ο πόλεμος στο Ιράκ θα ήταν καταστροφή, αλλά συνέχισε ούτως ή άλλως (…). Ποια ήταν η ζωή των Βιετναμέζων, των Καμποτζιανών ή των Ιρακινών σε σύγκριση με την ευκαιρία του Κίσιντζερ να βοηθήσει στη διαμόρφωση της ιστορίας;».
