Γεννημένος στην Αθήνα το 1947, σπούδασε Ιατρική στο Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών και από τις αρχές της δεκαετίας του 1980 επηρεάστηκε από το κίνημα της εναλλακτικής ψυχιατρικής που ανέπτυξε ο Ιταλός ψυχίατρος Φράνκο Μπαζάλια.

Κατά τη διάρκεια της επαγγελματικής του διαδρομής εργάστηκε στο Δρομοκαΐτειο, στο Κρατικό Θεραπευτήριο Λέρου και στο Ψυχιατρικό Νοσοκομείο Αττικής, αναπτύσσοντας πρωτοβουλίες για την εγκατάλειψη των ιδρυματικών πρακτικών και την ενίσχυση της κοινοτικής ψυχιατρικής. Παράλληλα, συνεργάστηκε στενά με συλλογικότητες, επαγγελματίες ψυχικής υγείας, οικογένειες και ανθρώπους με εμπειρία ψυχικών διαταραχών, προωθώντας ένα διαφορετικό μοντέλο φροντίδας.

Ο Θεόδωρος Μεγαλοοικονόμου υπήρξε επίσης ιδιαίτερα δραστήριος στον επιστημονικό διάλογο, με πλήθος δημοσιεύσεων σε ελληνικές και διεθνείς εκδόσεις, ενώ υπέγραψε σημαντικά βιβλία για την ψυχιατρική μεταρρύθμιση και την εμπειρία της αποϊδρυματοποίησης στην Ελλάδα. Ανάμεσά τους συγκαταλέγονται τα έργα «Λέρος, μια ζωντανή αμφισβήτηση της κλασικής ψυχιατρικής», «Ρωγμές, ρήγματα και αντιστάσεις στην κυρίαρχη ψυχιατρική» και «Δρομοκαΐτειο, Λέρος, Δαφνί. Ο ένας τοίχος μετά τον άλλο».

Ιδιαίτερα ενεργός ήταν και στον χώρο των κοινωνικών κινημάτων, με σημαντική δράση υπέρ των δικαιωμάτων των προσφύγων μέσω του ΣΥΠΡΟΜΕ. Συμμετείχε στη Λαϊκή Συνέλευση Κολωνού – Ακαδημίας Πλάτωνος – Σεπολίων, στα Κοινωνικά Ιατρεία και σε πρωτοβουλίες αλληλεγγύης στην κοινότητα των Προσφυγικών.

Παράλληλα, στήριξε το κίνημα αλληλεγγύης για την υπόθεση της 12χρονης από τον Κολωνό, ενώ είχε πολιτική παρουσία ως μέλος της Αντικαπιταλιστικής Ανατροπής στην Αθήνα και συμμετείχε ως υποψήφιος με το ψηφοδέλτιο της Ανατρεπτικής Συμμαχίας στην Αθήνα.