Σύμφωνα με τα ΑΕΙ, τους πρυτάνεις και τους καθηγητές παραβιάζεται το άρθρο 16 του Συντάγματος που καθιερώνει την ακαδημαϊκή ελευθερία και το αυτοδιοίκητο των Α.Ε.Ι.
Όπως υποστηρίζουν, τόσο με τους επίμαχους δύο νόμους (4009/2011 και 4076/2012) όσο και με την προσβαλλόμενη υπουργική απόφαση καταργείται το αυτοδιοίκητο των Α.Ε.Ι., λόγω της πρόβλεψης της συμμετοχής τρίτων, ιδιωτών, στα συμβούλια των Πανεπιστημίων.