Η Σύγκλητος του πανεπιστημίου Μακεδονίας, λαμβάνοντας υπόψη επιστημονικά και ακαδημαϊκά κριτήρια, τα οποία παραθέτει αναλυτικά, προτείνει τη διατήρηση των πέντε σχολών του πανεπιστημίου, αντί των τεσσάρων που προβλέπει το σχέδιο, καθώς επίσης τη διατήρηση δύο τμημάτων του (Διοίκησης – Τεχνολογίας και Μάρκετινγκ & Διοίκηση Λειτουργιών), ώστε να μην απορροφηθούν από το τμήμα Οργάνωσης και Διοίκησης Επιχειρήσεων.
 
Στην τελική πρόταση του υπουργείου στο σχέδιο “Αθηνά”, το τμήμα Βαλκανικών Σπουδών του πανεπιστημίου παραμένει αυτόνομο, λαμβάνοντας υπόψη πρόταση του πανεπιστημίου.
 
Η ανακοίνωση που αναρτήθηκε στην ιστοσελίδα του τμήματος ΦΠΨ του Πανεπιστημίου Αθηνών, ήταν λιτή και ενδεικτική των αντιδράσεων που προκλήθηκαν από το σχέδιο «Αθηνά». «Έπειτα από την ανακοίνωση της πρότασης του Υπουργού Παιδείας για τη νέα μορφή του Σχεδίου “ΑΘΗΝΑ”, η έκτακτη Συνέλευση των µελών ΔΕΠ του Τµήµατος ΦΠΨ αποφασίζει την αναστολή των µαθηµάτων του Τµήµατος ΦΠΨ και του Προγράµµατος Ψυχολογίας επ' αόριστο» αναφέρεται στην ανακοίνωση.
 
Το Πρόγραμμα Ψυχολογίας του ΦΠΨ χορηγεί, από το 1983, αυτόνομα πτυχία στην Ψυχολογία ισότιμα των πτυχίων Ψυχολογίας που χορηγούν τα Πανεπιστήμια Θεσσαλονίκης, το Πάντειο Πανεπιστήμιο και το Πανεπιστήμιο Κρήτης. Στην ουσία πρόκειται για ένα από τα πιο παλιά προγράμματα, από το οποίο ξεκίνησε ιστορικά η συστηματική διδασκαλία της ψυχολογίας στη χώρα.