Ο Άκης Τσοχατζόπουλος από τα πρώτα δημοσιεύματα στον τύπο το 2010 μέχρι και σήμερα, που βρίσκεται πλέον προφυλακισμένος έναν ολόκληρο χρόνο,  αρνείται κατηγορηματικά οποιαδήποτε εις βάρος του κατηγορία. Έχει απειλήσει και έχει πράγματι κινηθεί δικαστικά ενάντια σε ΜΜΕ, έχει προσφύγει στο Ευρωπαϊκό Δικαστήριο Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων για παραβίαση του τεκμηρίου αθωότητας, ενώ την ημέρα που αναμενόταν το πόρισμα της Προανακριτικής για τα υποβρύχια (6 Ιούνη) στην τηλεοπτική εκπομπή Νέοι Φάκελοι , δήλωνε:

«Η περιουσιακή μου και οικονομική κατάσταση είναι με πλήρη διαφάνεια καταγραμμένη και αποτυπωμένη στους θεσμούς της πολιτείας μας. Επιπλέον, η δικαιοσύνη στην οποία θα προσφύγω, αποτελεί τη μεγαλύτερη ασφάλεια έναντι της πρωτοφανούς συντονισμένης επίθεσης που τις τελευταίες μέρες γίνεται εις βάρος μου, αλλά και όλων των μελών της οικογενείας μου, με αποκλειστικό σκοπό την πολιτική και ηθική εξόντωση. Δυστυχώς όμως όπως βλέπω τις τελευταίες μέρες και η φυσική εξόντωση είναι μέσα στα σχέδια των κέντρων και συμφερόντων που επεξεργάζονται αυτού του είδους τις συμπεριφορές. Το κλίμα της εποχής είναι όλα στο φως. Όλη η αλήθεια στο λαό όπως λέμε. Σε αυτό δεν μπορεί κανένας να διαφοροποιηθεί. Ιδιαίτερα αυτή την εποχή και αυτές τις μέρες όπως βλέπουμε γύρω μας. Βέβαια για να είμαι ειλικρινής, δεν είμαι βέβαιος κατά πόσο η Επιτροπή θα μπορέσει να ανταποκριθεί στο ρόλο της για την ανάδειξη της αλήθειας.»

Στις αρχές Μαρτίου του 2013 από την άλλη, σε γραπτή δήλωσή του μέσα από τις φυλακές δήλωνε:

«Δυστυχώς ούτε η Δικαιοσύνη ούτε και οι πλειοψηφίες των δύο κομμάτων ΠΑΣΟΚ – ΝΔ στη Βουλή, ήθελαν να μάθουν την αλήθεια και την πραγματικότητα. Αντίθετα θέλησαν να κουκουλώσουν την υπόθεση, τόσο στην Βουλή, όσο και στην Δικαιοσύνη, νομίζοντας πως έτσι θα κρύψουν την ντροπή τους για τις ευθύνες τους. Η αλήθεια και η πραγματικότητα είναι μία, ότι δεν έχει παραδοθεί ακόμη στο Π.Ν. η πλειοψηφία των Υ/Β στον κύριο του έργου και υπάρχουν τεράστιες ευθύνες για αυτό από τους πέντε Υπουργούς Εθνικής Αμύνης των κομμάτων τους τα τελευταία δέκα χρόνια».

O A. Τσοχατζόπουλος έχει αφήσει πολλές φορές αιχμές τόσο για την ΚΟ του ΠΑΣΟΚ, όσο και για την ελληνική δικαιοσύνη, καταγγέλλοντας «άνωθεν παρεμβάσεις». Δεν έχει σταματήσει να αιτείται την κλήση για εξέταση μελών του ΚΥΣΕΑ κατά τα έτη 1998-1999, καθώς και αξιωματούχων του υπουργείου Εθνικής Αμυνας της ίδιας περιόδου, αλλά και να καταγγέλλει την συνεχιζόμενη ισχύ της επίμαχης σύμβασης για τα υποβρύχια μέχρι και σήμερα. «Είχαν σκοπό να κατασκευάσουν έναν μόνο ένοχο, εμένα, τον Υπουργό Εθνικής Άμυνας, που υπηρέτησα στη συγκεκριμένη θέση μέχρι το 2001, ενώ η κατασκευή των υποβρυχίων «214» διαρκεί μέχρι και σήμερα στη βάση της ίδιας ακριβώς σύμβασης.», δήλωνε μετά την σύλληψή του τον Απρίλιο του 2012.

Σε πρόσφατη συνέντευξη του στο Βήμα  στις 21/4/2013, ο πρώην υπουργός σκιαγράφησε τις σκοπιμότητες και τα πολιτικά παιχνίδια, που υποστηρίζει πως κρύβονται πίσω από την δίωξή του, με τον ακόλουθο τρόπο:

«Από το 2005-2006 άρχισε να χάνεται η πολιτική. Ο κυβερνητισμός επικράτησε με συνέπεια οι δημιουργικές πολιτικές αντιπαραθέσεις να αντικαθίστανται με συγκρούσεις και με ρήξεις στο όνομα του ΠΑΣΟΚ. Ο διάδοχος του Κώστα Σημίτη, Γιώργος Παπανδρέου, άνοιξε από το 2007, σε συνεργασία με τους “παρατρεχάμενους κηπουρούς” του, την εσωκομματική αντιπαράθεση στο ΠΑΣΟΚ. Αυτοί όλοι ήρθαν άμεσα σε σύγκρουση και ρίξεις με τους εκφραστές του ΠΑΣΟΚ του Ανδρέα Παπανδρέου. Στη βάση αυτή αντιμετωπίστηκε ήδη από το 2010 η στοχοποίησή μου σε ένα κοινωνικό επίπεδο, με μια καταιγίδα διαρκείας, που συνεχίστηκε στο πλαίσιο του Κοινοβουλίου μέσα από τις εξεταστικές επιτροπές, τις Ολομέλειες και την προανακριτική επιτροπή για τα υποβρύχια. Συνεχίστηκε δε η προσπάθεια της ηγεσίας του ΠΑΣΟΚ για την πολιτική εξόντωσή μου χειραγωγώντας την πλειοψηφία των δύο μεγάλων κομμάτων, ΝΔ και ΠΑΣΟΚ, που κατέληξαν σε κοινό κατηγορητήριο χωρίς να υπάρχει ουσιαστικά νόμιμη κατηγορία για δωροδοκία και ξέπλυμα.

Το 2012, η αντιπαράθεση πέρασε και στη Δικαιοσύνη, με κορωνίδα την επίθεση εναντίον μου με την απαράδεκτη άσκηση δίωξης από τον εισαγγελέα Πλημμελειοδικών Αθηνών, έπειτα από είκοσι μήνες ακινησίας του φακέλου. Η δίωξη αυτή οδήγησε στην προφυλάκισή μου, όπως και της γυναίκας μου και της κόρης μου, καθώς και πολλών άλλων αθώων ανθρώπων μέσα σε μία εβδομάδα, βάζοντας την πολιτική σκοπιμότητα στην υπηρεσία της τότε πολιτικής ηγεσίας. Επομένως, “εξιλαστήριο θύμα” επιδιώκουν άλλοι να με καταστήσουν για την εξυπηρέτηση των σχεδίων τους».