Ο Μ. Καρχιμάκης κατηγορείται για ηθική αυτουργία και παραβίαση μυστικών της πολιτείας, αδίκημα που αφορά, σύμφωνα με το κατηγορητήριο, απόρρητες αναφορές που απευθύνονταν στον πρωθυπουργό και τους αρμόδιους υπουργούς και είχαν ληφθεί από τον ίδιο με μη νόμιμο τρόπο.
Ο πρώην υπουργός του ΠΑΣΟΚ βρέθηκε κατηγορούμενος μετά από αναφορά με ημερομηνία 11.04.2013 υπαλλήλου της ΕΥΠ προς τον διοικητή της υπηρεσίας, σύμφωνα με την οποία ο πρώην υπουργός φέρεται να λάμβανε από υπαλλήλους της ΕΥΠ αντίγραφα των απόρρητων συντασσόμενων κάθε μήνα “αναφορών κατάστασης ασφαλείας – εκτίμησης απειλής”, των ημερήσιων δελτίων ενημέρωσης και λοιπών εγγράφων που απευθύνονταν προς τον πρωθυπουργό και τους υπουργούς Εξωτερικών, Δημόσιας Τάξης και Άμυνας.

Επίσης φέρεται ότι έπεισε άγνωστο υπάλληλο του ΥΠΕΘΑ να του παραδώσει αντίγραφα  εγγράφων με πληροφορίες και ειδήσεις που αφορούσαν την ασφάλεια και την αμυντική ικανότητα της χώρας που έπρεπε να παραμείνουν απόρρητα.

 
Ο Μ. Καρχιμάκης χαρακτήρισε απολύτως αναληθείς τις κατηγορίες σε βάρος του και εξέφρασε την πίκρα του για το γεγονός, όπως είπε, πως αστήρικτα ψεύδη τον οδήγησαν στη θέση του κατηγορούμενου.
«Ίσως με τις θέσεις που τολμηρά, αταλάντευτα και επίμονα κατά καιρούς εξέφρασα , να ενόχλησα και να κατέστησα αντιπάλους μου διαφόρους. Όμως ποτέ και κανένας δεν απετόλμησε να αρνηθεί τον πατριωτισμό, την ηθική, την εντιμότητα και την ευσυνειδησία μου», είπε ενώπιον του ανακριτή, Δ. Φούκα, που χειρίζεται την υπόθεση.

Υπέρ του κατέθεσαν οι πρώην υπουργοί, Δημ. Ρέππας, Φιλ. Πετσάλνικος και ο δημοσιογράφος Κώστας Βαξεβάνης