Ο Πρόεδρος της Κομισιόν μέχρι πριν λίγες ημέρες ισχυριζόταν ότι το σκάνδαλο της νόμιμης φοροαποφυγής του Λουξεμβούργου δεν τον άγγιζε προσωπικά. Το ευρωκοινοβούλιο απέρριψε την πρόταση των ευρωβουλευτών της αριστεράς που κατέθεσαν πρόταση μομφής και ο ίδιος ο Γιούνκερ ζήτησε τον έλεγχο της υπόθεσης, υποστηρίζοντας ότι δεν είχε τίποτα να φοβηθεί.
Ωστόσο σύμφωνα με το πρωτοσέλιδο της βρετανικής εφημερίδας ο Bob Comfort, πρώην επικεφαλής λογιστής της Amazon ισχυρίζεται τώρα ότι ο Γιούνκερ είχε συνδράμει προσωπικά για την μεταφορά της έδρας του αμερικανικού κολοσσού στο Λουξεμβούργο δρώντας ως «επιχειρηματικός εταίρος» και «βοηθώντας να λυθούν τα προβλήματα».
Λίγους μήνες μετά την ανάληψη των καθηκόντων του, το 2003, η Amazon πέτυχε μια απόρρητη συμφωνία με τις τοπικές αρχές του Λουξεμβούργου η οποία έγινε εδώ και δύο μήνες ερευνάται από την επιτροπή ελέγχου της Ευρωπαϊκής Ένωσης.
Σε συνέντευξη του Comfort στην εφημερίδα του Λουξεμβούργου d’Letzebuerger ανέφερε ότι «η κυβέρνηση του Λουξεμβούργου εμφανίστηκε ως εταίρος και νομίζω ότι η σωστή έκφραση είναι: μας βοήθησε να λύσουμε τα προβλήματα». Ο ίδιος ισχυρίστηκε ότι είχε συναντήσεις με τους επικεφαλής των οικονομικών υπηρεσιών παρόντος του Γιούνκερ που τότε ήταν ταυτόχρονα Πρωθυπουργός και υπουργός Οικονομίας. «Το μήνυμά του ήταν απλό: Αν αντιμετωπίσετε προβλήματα που δυσκολεύεστε να λύσετε ελάτε σε μένα και θα προσπαθήσω να βοηθήσω».
Οι αποκαλύψεις για τον ενεργό ρόλο του Γιούνκερ στο σκάνδαλο φοροαποφυγής έρχονται λίγες μέρες μετά την απόφαση της κυβέρνησης του Λουξεμβούργου να ενεργοποιήσει νέο πρόγραμμα φοροαπαλλαγής στοχεύοντας στις πολυεθνικές της Μεγάλης Βρετανίας, η οποία επίσης συνάπτει ειδικές φορολογικές συμφωνίες με τους κολοσσούς της επιχειρηματικής δραστηριότητας.
Η Amazon EU Sarl, η εταιρία που είναι ο ενδιάμεσος για όλες τις αγορές που γίνονται από την Ευρώπη το 2013 είχε κύκλο εργασιών 13,6 δισεκατομμυρίων δολαρίων (10,9 δις ευρώ) αλλά τα φορολογήσιμα έσοδα της μειώθηκαν σημαντικά μετά τις πληρωμές δικαιωμάτων σε μια άλλη εταιρία του Λουξεμβούργου που ελέγχεται από την Amazon η οποία δεν φορολογείται στο μεγάλο Δουκάτο. Πρόκειται για το πιο διαδεδομένο τρικ φοροαποφυγής που αποκάλυψε η Διεθνής Σύμπραξη Ερευνητών Δημοσιογράφων (ICIJ) σύμφωνα με το οποίο μια εταιρία ιδρύει μια θυγατρική στην οποία πουλάει το brand της και έπειτα πληρώνει δικαιώματα χρήσης κάθε φορά που το χρησιμοποιεί. Τα δικαιώματα χρήσης φορολογούνται με συντελεστή από 0 έως 8% (σε αντίθεση με τα έσοδα που σύμφωνα με τη νομοθεσία του Λουξεμβούργου φορολογούνται με συντελεστή 26%).
Ο Γιούνκερ τώρα βρίσκεται σε δύσκολη θέση αφού πριν από ένα μήνα είχε υποστηρίξει ότι δεν ήταν υπεύθυνος για τις φορολογικές δομές του Λουξεμβούργου αλλά οι δηλώσεις του Comfort αποδεικνύουν ότι όχι μόνο γνώριζε την ύπαρξη του μηχανισμού αλλά ήταν ταυτόχρονα και μέρος του.