Όπως δήλωσε ο Ν. Κοτζιάς, η Τουρκία «οφείλει να αντιληφθεί ότι, προκειμένου να ενταχθεί στην ευρωπαϊκή οικογένεια, θα πρέπει να συμβαδίζει με τους εταίρους, όχι μόνο σε θέματα πολιτικής με τη στενή έννοια, όπου επίσης υπολείπεται, αλλά και σε θέματα πολιτισμού, τα οποία αποτελούν σημαντική προτεραιότητα για την Ευρωπαϊκή Ένωση. Με ενέργειες, όπως αυτή της Αγίας Σοφίας, η Τουρκία απομακρύνεται από την ΕΕ, αντί να την προσεγγίζει, και αυτό είναι αντιληπτό από όλους».
Σύμφωνα με τον υπουργό Εξωτερικών, η εν λόγω απόφαση των τουρκικών Αρχών καταδικάστηκε απερίφραστα από την ελληνική κυβέρνηση, με ανακοίνωση που εξέδωσε το υπουργείο Εξωτερικών, καθώς «όχι μόνο συνιστά παραβίαση της διεθνούς υποχρέωσης της Τουρκίας για σεβασμό του συνόλου των μνημείων, χριστιανικών ή μη, στην επικράτειά της, αλλά στρέφεται, μάλιστα, κατά μνημείου που έχει χαρακτηριστεί από την UNESCO ως παγκόσμια πολιτιστική κληρονομιά και το οποίο η Τουρκία προσπαθεί να μετατρέψει σε τέμενος, αν και με απόφασή της από το 1935, επί Κεμάλ Ατατούρκ, λειτουργεί ως μουσείο».