Στη δίκη των 16 ΕΠΟΝιτών το καλοκαίρι του 1949 ο Φάνης Πασπαλιάρης ήταν ανάμεσα στους 4 που καταδικάσθηκαν σε θάνατο από το Έκτακτο Στρατοδικείο Πειραιά. Η θανατική ποινή δεν εφαρμόστηκε τελικά και στη συνέχεια στάλθηκε στη Μακρόνησο.