Ο Μ. Σχοινάς δείχνει να είναι ο εκλεκτός του Κυριάκου Μητσοτάκη για τη θέση του Έλληνα επιτρόπου στην Κομισιόν, στη θέση του Δημήτρη Αβραμόπουλου. Σύμφωνα με πληροφορίες της «Καθημερινής» που επικαλείται το Politico, ο νέος επίτροπος θα είναι ο γνώριμος στην Κομισιόν και εκπρόσωπος Τύπου της προεδρίας της Κομισιόν, παρά το ότι ο ίδιος αρνείται να σχολιάσει μέχρι στιγμής.
«Ο πρωθυπουργός Κυριάκος Μητσοτάκης θα ανακοινώσει σήμερα την επιλογή του για τον επόμενο Ευρωπαίο Επίτροπο της Ελλάδας, σύμφωνα με κυβερνητικούς αξιωματούχους. Ποιος θα είναι ο υποψήφιος, ο οποίος δεν είναι ξένος στην Κομισιόν; Φήμες από την Αθήνα αναφέρουν πως ο υποψήφιος δεν θα είναι άλλος από τον εκπρόσωπο της Επιτροπής, Μαργαρίτη Σχοινά. Ο Σχοινάς αρνήθηκε να σχολιάσει».
Την υποψηφιότητα του Μ. Σχοινά σχολιάζει και το Euractiv, λέγοντας ότι είναι «ο σωστός άνθρωπος» για τη θέση λόγω της χρόνιας ενασχόλησης του με την Κομισιόν. Το δημοσίευμα επισημαίνει πως ισχυρή υποψηφιότητα είχε θέσει και ο Α. Σαμαράς, ωστόσο η μη εκλογή του Μάνφρεντ Βέμπερ του ΕΛΚ στην προεδρία της Κομισιόν, «αδυνάτισε» σημαντικά αυτή την πιθανότητα.
Ο Μ. Σχοινάς υπήρξε μέλος του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου από το 2007 έως το 2009 εκλεγμένος με τη Νέα Δημοκρατία. Διετέλεσε αναπληρωτής διευθυντής του Γραφείου Συμβούλων Ευρωπαϊκής Πολιτικής του πρόεδρου της Κομισιόν, Ζοζέ Μπαρόζο, θήτευσε επικεφαλής του γραφείου του Κύπριου Επίτροπου Μάρκου Κυπριανού, ενώ στη συνέχεια διορίστηκε εκπρόσωπος τύπου της Κομισιόν από τον Ζαν – Κλοντ Γιούνκερ.