Το σύστημα χρηματοδότησης που προωθεί το υπουργείο Παιδείας προβλέπει ότι το 80% της χρηματοδότησης των ΑΕΙ να ορίζεται με βάση συγκεκριμένους δείκτες (π.χ. αριθμό εισακτέων, εκτιμώμενο κόστος ανά φοιτητή, διάρκεια προγραμμάτων σπουδών, εργαστήρια, διασπορά τμημάτων). Το υπόλοιπο 20% θα χορηγείται με βάση τις επιδόσεις κάθε ΑΕΙ σε συγκεκριμένους δείκτες· μεταξύ αυτών είναι η επαγγελματική απορρόφηση των αποφοίτων, οι δράσεις εξωστρέφειας των Ιδρυμάτων, η αναλογία πτυχιούχων/εισερχόμενων φοιτητών, ο αριθμός των δημοσιεύσεων και των ετεροαναφορών ανά καθηγητή.

Όπως αναφέρει ρεπορτάζ της Καθημερινής, στη χθεσινή τηλεδιάσκεψη των πρυτάνεων διεφάνη η γενική αντίθεσή τους στο 80%-20%, καθώς ενέχει τον κίνδυνο της μείωσης της χρηματοδότησης. Η κριτική που ασκείται στο σχέδιο του υπουργείου Παιδείας είναι ότι θέτει υπό αίρεση το 20% του προϋπολογισμού των ΑΕΙ.

Επίσης, διατυπώθηκε προβληματισμός σε σχέση με τη στελέχωση της Εθνικής Αρχής Ανώτατης Εκπαίδευσης (ΕΘΑΑΕ), που θα ιδρυθεί με ενισχυμένες αρμοδιότητες, σε αντικατάσταση της  προϋπάρχουσας Αρχής Διασφάλισης και Πιστοποίησης της Ποιότητας στην Ανώτατη Εκπαίδευση (ΑΔΙΠ). Οι πρυτάνεις υποστηρίζουν ότι θα υπάρξει μία ακόμη Αρχή που θα, εμμέσως, θα επιλέγεται από το υπουργείο Παιδείας και θα έχει ενισχυμένες αρμοδιότητες.

Μάλιστα, ελέχθη ότι δεν αποκλείεται να υπάρξει κλείσιμο τμημάτων και λειτουργικός κλυδωνισμός ΑΕΙ, και δη περιφερειακών σε συνδυασμό και με μία πιθανή μείωση των κονδυλίων προς τα ΑΕΙ εάν τυχόν δεν καταφέρουν να υλοποιήσουν τα κριτήρια για να πάρουν και το 20% της χρηματοδότησης.

Υπενθυμίζεται ότι ο πρόεδρος της νέας «Ανεξάρτητης Αρχής» του υπουργείου Παιδείας θα ορίζεται με απόφαση υπουργικού συμβουλίου.