Σύμφωνα με το δημοσίευμα της εφημερίδας «Μακεδονία» το περιστατικό συνέβη το 2012, αλλά υπάρχουν ενδείξεις ότι η διοίκηση του ιδρύματος προσπάθησε να το κρατήσει κρυφό.
Όπως σημειώνεται επίσης, ο εισαγγελέας Πρωτοδικών πρότεινε να τεθεί στο αρχείο, ωστόσο η αρχειοθέτησή της δεν εγκρίθηκε από την εισαγγελία Εφετών, που έδωσε να ασκηθεί ποινική δίωξη εις βάρος του διευθυντή του ιδρύματος και όλων των μελών του διοικητικού συμβουλίου για παράβαση καθήκοντος και υπόθαλψη εγκληματία.
Η υπόθεση αφορά τον κατ'εξακολούθηση βιασμό ενός 7χρονου από μεγαλύτερο τρόφιμο του ιδρύματος το 2012. Ο ανήλικος κατέληξε στο νοσοκομείο, ωστόσο όπως τονίζει το δημοσίευμα, η διεύθυνση του ιδρύματος προσπάθησε να αποσιωπήσει το θέμα, παρά την ενημέρωση που είχε από την κοινωνική λειτουργό.
Η υπόθεση αυτή βρίσκεται στο στάδιο της ανάκρισης, αλλά οι εισαγγελικές αρχές παρήγγειλαν ξεχωριστή έρευνα για τις ευθύνες των διοικούντων το ίδρυμα.
Μάλιστα έχουν δώσει ανωμοτί καταθέσεις τόσο ο μητροπολίτης Ανθιμος ως πρόεδρος του «Παπαφείου», όσο και ο διευθυντής του ιδρύματος, επίσης ιερέας και τα μέλη του διοικητικού συμβουλίου.