Οι αποφάσεις της Διάσκεψης θεωρούνται από την Αθήνα εχθρική ενέργεια, που αρχικά αντιμετωπίστηκε με διάβημα διαμαρτυρίας και πιέσεις σε ευρωπαίους αξιωματούχους, ενώ στη συνέχεια ανακλήθηκε η πρέσβης της Ελλάδας στην Βιέννη.
Σχολιάζοντας την ανάκληση της πρέσβεως, ο αναπληρωτής υπουργός Εξωτερικών Νίκος Ξυδάκης έκανε λόγο για τακτική άμυνας απέναντι σε εχθρική και επιθετική ενέργεια, όπως είναι αυτή του κλεισίματος των συνόρων.
Με το σταγονόμετρο η διέλευση
Οι αποφάσεις της Βιέννης για τη ροή των προσφύγων έχουν προκαλέσει ασφυξία στην Ελλάδα. Ειδικά μετά τη Διάσκεψη των Δυτικών Βαλκανίων, ουσιαστικά τα σύνορα ΠΓΔΜ – Ελλάδας έχουν κλείσει, καθώς τα Σκόπια επιτρέπουν κατά μέσο όρο μόλις 200 άτομα να περνούν καθημερινά, την ώρα που στα νησιά του ανατολικού Αιγαίου φθάνουν κατά εκατοντάδες οι πρόσφυγες και μετανάστες.