Όπως αναφέρεται στο κατηγορητήριο και προκύπτει από τις τηλεφωνικές συνομιλίες, Νίκος Μιχαλολιάκος ενημερώθηκε για τη δολοφονία του Παύλου Φύσσα από τον Γιάννη Λαγό, μόλις μισή ώρα μετά τη δολοφονία. Τον βουλευτή Β΄Αθήνας είχε ενημερώσει νωρίτερα ο Γιώργος Πατέλης, ο οποίος έμαθε από τον Γιώργο Ρουπακιά τη δολοφονία του Π. Φύσσα.
Στο κατηγορητήριο, το οποίο χαρακτηρίζει την οργάνωση στρατιωτική με δομή και σιδηρά ιεραρχία, αναφέρεται πως για όποιον δεν την ακολουθεί υπάρχουν συνέπειες και για τη σωματική ακεραιότητά του.
Αναφορά γίνεται ακόμη και στην εκπαίδευση των ανηλίκων παιδιών αλλά και στις επιχειρησιακές ομάδες, με δομή ανάλογη με εκείνη του στρατού.
Στο κατηγορητήριο εις βάρος του αρχηγού της Χ.Α. αναφέρεται χαρακτηριστικά: «Εσύ δε υπό την ιδιότητα του μέλους της στενής ηγετικής ομάδας της οργανώσεως και του βουλευτού της Χρυσής Αυγής διηύθυνες αυτήν παρέχων διαταγές, οδηγίες και εντολές προς τα μέλη της οργανώσεως ελέγχων απολύτως τη δράση αυτής και ενεργών προς επίτευξη των παρανόμων σκοπών της όπως ανωτέρω αυτοί αναλυτικώς αναφέρονται»