Η διοίκηση του νοσοκομείου βρίσκεται σε οικονομικό αδιέξοδο, αδυνατώντας να καταβάλει μισθούς στους 1450 εργαζόμενους, καθώς τα ασφαλιστικά ταμεία δεν καταβάλουν εδώ και δύο χρόνια τα χρέη για τα νοσήλια, ενώ η κρατική επιχορήγηση αρκεί μόνο για την κάλυψη του 60% της μισθοδοσίας.
 
«Το νοσοκομείο Παπαγεωργίου δεν επιχορηγείται ισότιμα με τα άλλα νοσοκομεία. Ενώ στα άλλα νοσοκομεία με την κρατική επιχορήγηση καλύπτεται το 100% της μισθοδοσίας στο Παπαγεωργίου αρκεί μόνο για το 60%. Μας λείπουν 1.700.000 ευρώ για να καταβάλουμε τους μισθούς του Φεβρουαρίου ενώ τους προηγούμενους τέσσερις μήνες εξασφαλίζαμε στο παρά πέντε χρήματα για να πληρώσουμε τους μισθούς» ανέφερε ο διοικητής του Παπαγεωργίου, Γεώργιος Χριστόπουλος.
 
Σύμφωνα με στοιχεία που παρουσίασε ο κ. Χριστόπουλος, το 2012 το νοσοκομείο Παπαγεωργίου πήρε κρατική επιχορήγηση 26,8 εκατομμύρια, ενώ το κόστος της μισθοδοσίας ήταν 41 εκατ. ευρώ. Τα χρέη των ασφαλιστικών ταμείων στο νοσοκομείο ανέρχονται στα 187 εκατ. ενώ το χρέος του Παπαγεωργίου προς τους προμηθευτές είναι 78 εκατ. ευρώ.