Όπως διευκρινίζεται από το υπουργείο, το τρέχον ακαδημαϊκό έτος, 2017-18, είναι μεταβατική περίοδος κατά την οποία τα υφιστάμενα Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) οργανώνονται και λειτουργούν σύμφωνα με όσα ίσχυαν πριν την ψήφιση του νόμου, όσον αφορά τα όργανα των ΠΜΣ, τις αμοιβές διδασκόντων, κατανομές πόρων, ελάχιστο αριθμό διδασκόντων από το οικείο Τμήμα κ.λπ. Εξαίρεση θα αποτελέσουν τα τμήματα που θα ιδρύσουν ή θα επανιδρύσουν ΠΜΣ το τρέχον έτος , τα οποία θα πρέπει να ακολουθήσουν αυτά που αναφέρονται στις διατάξεις του νέου νόμου.
Το υπουργείο επισημαίνει ότι «από το ακαδημαϊκό έτος 2018-19 και εφεξής θα εφαρμόζονται στο σύνολό τους οι διατάξεις του νόμου Γαβρόγλου, που αφορούν σπουδές δεύτερου κύκλου, με εξαίρεση τις προϊσχύουσες διατάξεις που θα εξακολουθούν να ισχύουν μεταβατικά, αποκλειστικά και μόνο για την ολοκλήρωση της φοίτησης των φοιτητών που έχουν ήδη εγγραφεί ή θα εγγραφούν κατά το ακαδημαϊκό έτος 2017-18».