Όπως επεσήμανε ο πρόεδρος του δικαστηρίου δεν υπάρχουν επαρκείς ενδείξεις ενοχής για τα αδικήματα της απιστίας και της παθητικής δωροδοκίας, ότι δηλαδή έλαβε μίζα 2,5 εκατ. Ευρώ για την σύμβαση αναβάθμισης των έξι φρεγατών του πολεμικού ναυτικού το 2003.
«Υπάρχουν αμφιβολίες για τα βασικά αδικήματα της παθητικής δωροδοκίας και της απιστίας (παραγεγραμμένα), δεν υπήρχαν επαρκείς ενδείξεις και κατά συνέπεια απαλλάσσεται λόγω αμφιβολιών για τη νομιμοποίηση εσόδων που κατηγορείται» ανέφερε μεταξύ άλλων ο πρόεδρος του δικαστηρίου.
Αθώοι κρίθηκαν επίσης η γυναίκα του, Σταυρούλα Κουράκου και ο στενός του φίλος, Ανδρέας Μπάρδης.
Όπως σημειώνει η «Εφημερίδα των Συντακτών», ο εισαγγελέας της έδρας Ανδρέας Σπηλιώτης σε προηγούμενη συνεδρίαση του δικαστήριο ζητούσε την καταδίκη του κ. Παπαντωνίου και είχε υποστηρίξει:
«Το συνολικό ποσό που παρέδωσε ο Παπαντωνίου στο Μπάρδη ήταν περίπου 2,5 εκατομμύρια ευρώ. Αυτά τα λεφτά έπρεπε να αποκτήσουν μια νομιμοφάνεια, για αυτό έγινε επένδυση σε ένα ομόλογο. Παρέδωσε τα αναφερόμενα ποσά στον κύριο Μπάρδη που τα μετέφερε διαδοχικά μέσω τράπεζας στην τράπεζα και στη συνέχεια το ποσό αυτό επενδύθηκε σε ένα ομόλογο, που είχε το ρόλο του ξεπλύματος. Με τη ρευστοποίηση του ομολόγου θα αιτιολογούσε το χρήμα”, ενώ συμπλήρωνε πως «το δημόσιο ζημιώθηκε με 381 εκατομμύρια Η δουλειά μπορούσε να γίνει η δουλειά τζάμπα, από τα κονδύλια του πολεμικού ναυτικού στις εγκαταστάσεις του. Όφειλε ο κατηγορούμενος όταν ανέλαβε υπουργός να σταματήσει το πρόγραμμα έστω και αν είχε υπογραφή από τον προηγούμενο υπουργό, Άκη Τσοχατζόπουλο. Όφειλε να το σταματήσει γιατί δεν εξυπηρετούσε τις ανάγκες της χώρας, γιατί ήταν πρόγραμμα που θα υλοποιούνταν σε δέκα χρόνια με τις φρεγάτες να είναι σε χειρότερη κατάσταση πλέον».