Τον Δεκέμβριο του 2015, ο Αμβρόσιος είχε δημοσιεύσει στο προσωπικό του ιστολόγιο άρθρο με τίτλο «ΑΠΟΒΡΑΣΜΑΤΑ ΤΗΣ ΚΟΙΝΩΝΙΑΣ ΣΗΚΩΣΑΝ ΚΕΦΑΛΙ!- Ας μιλήσουμε έξω απ τα δόντια ΦΤΥΣΤΕ ΤΟΥΣ!» στο οποίο ήταν έκδηλη η ρητορική μίσους και η προτροπή σε βία εις βάρος των ομοφυλόφιλων.
Στο άρθρο γινόταν, μεταξύ άλλων, κάλεσμα στο αναγνωστικό κοινό να εναντιωθεί στα άτομα με διαφορετικό σεξουαλικό προσανατολισμό: «Μην τους πλησιάζετε! Μην τους ακούτε! Μην τους εμπιστεύεσθε! Είναι οι κολασμένοι της κοινωνίας! Δεν μπορούν κάποιοι ξεφτιλισμένοι να υπερασπίζονται δημοσίως τα πάθη της ψυχής τους!. Ε λοιπόν αυτούς τους ξεφτιλισμένους, φτύστε τους! Αποδοκιμάστε τους! Είναι εκτρώματα της φύσεως! Ψυχικά και πνευματικά πάσχουν! Είναι άτομα με διανοητική διαταραχή! Δυστυχώς αυτοί είναι τρις-χειρότεροι και πολύ πιο επικίνδυνοι από κάποιους, που ζουν στα τρελλοκομεία!», ανέφερε μεταξύ άλλων ο Αμβρόσιος.
Εννέα ομοφυλόφιλοι αποφάσισαν να δράσουν και στις 16 Ιανουαρίου 2016 κατέθεσαν μήνυση κατά του μητροπολίτη όχι μόνο για δημόσια υποκίνηση βίας ή μίσους με βάση το άρθρο 1 του νόμου 4285/2014 για την καταπολέμηση του ρατσισμού (ο λεγόμενος αντιρατσιστικός νόμος) αλλά και για κατάχρηση εκκλησιαστικού αξιώματος, σύμφωνα με το άρθρο 196 του Ποινικού Κώδικα, σύμφωνα με το οποίο «θρησκευτικός λειτουργός ο οποίος κατά την ενάσκηση των έργων του ή δημόσια και με την ιδιότητά του προκαλεί ή διεγείρει τους πολίτες σε εχθροπάθεια κατά της πολιτειακής εξουσίας ή άλλων πολιτών τιμωρείται με φυλάκιση μέχρι τριών ετών».