Ο πρώην Διευθύνων Σύμβουλος των Ναυπηγείων Σκαραμαγκά, Σ. Εμμανουήλ, κατηγορείται ότι πήρε «μίζα» ύψους 40 εκατομμυρίων ευρώ για την υλοποίηση της σύμβασης των υποβρυχίων, όπως προκύπτει από το άνοιγμα τραπεζικών λογαριασμών και μαρτυρικές καταθέσεις.
Συγκεκριμένα φέρεται να είχε πρωταγωνιστικό ρόλο στις συμβάσεις «Αρχιμήδης» και «Ποσειδών» που αφορούσαν στην κατασκευή αλλά και την επισκευή 3+1 υποβρυχίων τύπου 214, ενώ εμφανίζεται να έχει εισπράξει μετά τον Οκτώβριο του 2001 το υπέρογκο ποσό των 24 εκατ. ευρώ, μέσω της εταιρείας Ιnveco η οποία αποδίδεται σε αυτόν.
 
Εναντίον του οι εισαγγελικές Αρχές έχουν ασκήσει διώξεις για τα κακουργήματα της παθητικής δωροδοκίας κατά του Δημοσίου, απιστίας περί την υπηρεσία κατά του Δημοσίου, τελεσθείσας με ιδιαίτερα τεχνάσματα, άπαξ και κατ' εξακολούθηση, καθώς και νομιμοποίησης εσόδων από εγκληματικές δραστηριότητες.
 
Ο Ιωάννης  Μπέλτσιος, πολιτικός μηχανικός και στενός συνεργάτης του πρώην υπουργού Άμυνας (κατονομάζεται και ως ταμίας του), κατηγορείται ότι πήρε χρήματα απο την γερμανική εταιρεία Ferrostaal AG, η οποία ανέλαβε την κατασκευή 4 υποβρυχίων στην Ελλάδα στο πλαίσιο της σύμβασης 012Β/00.

Τα χρήματα αυτά, σύμφωνα με το κατηγορητήριο, δόθηκαν απο τον Μπέλτσιο στον τότε υπουργό, Ακη Τσοχατζόπουλο. 

Ο ίδιος ο Μπέλτσιος είχε παραδεχθεί ότι είχε συνάψει σύμβαση ως τα μέσα του 2003 με τη Ferrostaal για την παροχή συμβουλών για έργα υποδομής, ενόψει των Ολυμπιακών Αγώνων του 2004.

Έχει κατονομαστεί ως διακινητής μεγάλων ποσών «μαύρου» χρήματος στην υπόθεση των υποβρυχίων.
 

Εμφανίζεται με αρχικά στο σημείωμα με τις πληρωμές των «μαύρων χρημάτων» και η εμπλοκή του οφείλεται στις καταθέσεις πρώην στελέχους της γερμανικής εταιρίας Haun, ενώ κατονομάζεται και από τους κ.κ. Ματαντό και Αβατάγγελο.
 
Και τους δύο συλληφθέντες κατονομάζει στην απολογία του ο πρώην αναπληρωτής διευθυντής εξοπλισμών και νυν προφυλακισμένος για την υπόθεση, Αντώνης Κάντας.
 
Tα ονόματά τους εμπλέκονται επίσης σε καταθέσεις που έχουν δοθεί ενώπιον της ελληνικής και της γερμανικής δικαιοσύνης.