Μετά την εξέλιξη αυτή, η πολύκροτη υπόθεση σε επίπεδο δικαστικού συμβουλίου, θα κριθεί από μηδενική βάση από το Συμβούλιο Εφετών, από την κρίση του οποίου εξαρτάται και η περαιτέρω ποινική μεταχείριση για τον Ν. Μανιαδάκη. Το Συμβούλιο θα αξιολογήσει τα στοιχεία ώστε να διαπιστώσει αν η κατηγορία της παθητικής δωροδοκίας σε βάρος του καθηγητή ευσταθεί ή αν το Συμβούλιο Πλημμελειοδικών αξιολόγησε ορθά τον νόμο για την δωροληψία υπαλλήλων στην υπό κρίση δικογραφία.
Η ποινική δίωξη σε βάρος του είχε ασκηθεί τον Δεκέμβριο του 2018 από την Εισαγγελία Διαφθοράς, η οποία ταυτόχρονα είχε ανακαλέσει την ιδιότητα του προστατευόμενου μάρτυρα που είχε χορηγηθεί αρχικά στον καθηγητή ο οποίος είχε καταθέσει με το όνομα «Ιωάννης Αναστασίου».