Το κτήριο του Νέου Αρχαιολογικού Μουσείου έχει ολοκληρωθεί με χρηματοδοτήσεις από ΕΣΠΑ και το αρμόδιο υπουργείο. Η έκθεση περιλαμβάνει πλήθος νέων εκθεμάτων, που για πρώτη φορά βγαίνουν από τις αποθήκες. Περισσότερα από 3.500 αντικείμενα συγκροτούν την έκθεση, εκ των οποίων περίπου 1.000 εκτίθενται για πρώτη φορά, σύμφωνα με ρεπορτάζ της φιλοκυβερνητικής ιστοσελίδας liberal.gr.
Μέρος από τη συλλογή Κωνσταντίνου, Μαρίκας και Κυριάκου Μητσοτάκη είχε παρουσιαστεί εν μέρει στο Μουσείο Κυκλαδικής Τέχνης στην Αθήνα, το 1992. Από το 2000 παρουσιαζόταν σε τρεις αίθουσες του Αρχαιολογικού Μουσείου Χανίων, στα βόρεια και σε επαφή με το ναό του Αγίου Φραγκίσκου. Στο Νέο Αρχαιολογικό Μουσείο θα παρουσιαστούν για πρώτη φορά τα περισσότερα από χίλια αντικείμενα που συγκροτούν ολόκληρη τη συλλογή, χωρίς διευκρινίσεις για το πώς αποκτήθηκαν από την οικογένεια Μητσοτάκη τα εν λόγω εκθέματα.