Στις 30 Δεκεμβρίου του 2021, η Γιάννα Παπαδάκου κλήθηκε ως κατηγορούμενη, για σειρά βαρύτατων κακουργημάτων, από την ανακρίτρια που ερευνά την υπόθεση Παπαγγελόπουλου, χωρίς να έχει προηγηθεί κλήση της για έγγραφες εξηγήσεις κατά τη διάρκεια προκαταρκτικής εξέτασης και ενώ οι υποθέσεις σκανδάλων που έχει αποκαλύψει παραμένουν ακόμα ανοικτές στη Δικαιοσύνη. Η κλήση της σε απολογία, με πρωτοφανείς μεθοδεύσεις, βασίζεται στο πόρισμα των βουλευτών της ΝΔ και του ΚΙΝΑΛ στην προανακριτική επιτροπή της Βουλής για την υποτιθέμενη «σκευωρία Νοvartis» και είναι αποτέλεσμα μίας ευρύτερης προσπάθειας χρόνων να μετατραπούν οι άνθρωποι που προσπάθησαν να ξεσκεπάσουν το σκάνδαλο σε κατηγορούμενους.

Το «έγκλημά της» είναι ότι έκανε τη δουλειά της και, ασκώντας ερευνητική δημοσιογραφία, πήγε στο Παρίσι και πήρε συνέντευξη από τον θεωρούμενο και ως «πατέρα της λίστας Λαγκάρντ» Ερβέ Φαλτσιάνι, αλλά και αρθρογράφησε για τις υποθέσεις αυτές στα μέσα όπου εργαζόταν.

Η υπόθεσή της, μαζί και με αυτή του Κώστα Βαξεβάνη, έχουν ήδη προκαλέσει διεθνές ενδιαφέρον, με τις μεγαλύτερες οργανώσεις που ασχολούνται με την Ελευθερία του Τύπου να εκδίδουν ανακοινώσεις στήριξης, κάνοντας λόγο για στοχοποίηση, πολιτικά κίνητρα και απόπειρα ποινικοποίησης της ερευνητικής δημοσιογραφίας.

Η ίδια η δημοσιογράφος έχει ζητήσει την ακύρωση της δίωξής της, ενώ ήδη έχει προσφύγει στο Ευρωπαϊκό Δικαστήριο, το οποίο έχει κάνει κατ’ αρχήν παραδεκτή την προσφυγή της και εκκρεμεί να την εξετάσει επί της ουσίας.