Σχολιάζοντας το δημοψήφισμα η Ντόρα Μπακογιάννη δήλωσε πως «το να προτείνει σήμερα ο υπουργός Άμυνας να γίνει δημοψήφισμα στην Ελλάδα δείχνει το μέγεθος της άγνοιας και της επικινδυνότητας αυτής της κυβέρνησης».
 
Η ίδια επιτέθηκε στην κυβέρνηση λέγοντας πως «αντί να προσπαθήσει να λύσει το ζήτημα με εθνική συνεννόηση και συναίνεση, από την αρχή χειρίστηκε το ζήτημα μικροπολιτικά, με στόχο να δημιουργήσει πρόβλημα στην αντιπολίτευση».
 
Αναφερόμενη στο ονοματολογικό των Σκοπίων υποστηρίζει ότι «η λύση του ζητήματος προϋποθέτει κυρίως την αντιμετώπιση του αλυτρωτισμού», σημειώνει ότι «εάν καταλήξουμε σε μια σοβαρή συμφωνία, η οποία θα αντιμετωπίζει όλα τα επιμέρους ζητήματα, μια σύνθετη ονομασία με γεωγραφικό προσδιορισμό θα ήταν αποδεκτή», εκτιμά όμως ότι απέχουμε πολύ από κάτι τέτοιο. 
 
«Και εγώ δεν θα ήθελα τον όρο Μακεδονία, όμως το ζήτημα είναι αν αυτό είναι εφικτό» δηλώνει η πρώην υπουργός και υπογραμμίζει ότι «όταν η κυβέρνηση πει πώς θα αντιμετωπίσει τις εσωτερικές της διαφωνίες και παρουσιάσει την επίσημη πρότασή της, να είστε σίγουροι ότι εμείς θα κάνουμε το εθνικά υπεύθυνο».