Το αίτημα του Εφραίμ να μην προφυλακιστεί, είχε απορριφθεί ομόφωνα από το συμβούλιο Εφετών, το οποίο τον χαρακτήρισε ύποπτο να διατελέσει κι άλλα εγκλήματα.

Όταν ελήφθη η απόφαση της προφυλάκισης του ο Εφραίμ αρνήθηκε να πάει στη φυλακή επικαλούμενος πυρετό, ανεβασμένο ζάχαρο και στη συνέχεια πόνους στη μέση. Αρνήθηκε επίσης να διακομισθεί σε νοσοκομείο όπως ορίζει ο νόμος. Αποτέλεσμα αυτής του της άρνησης ήταν να διώκονται οι αστυνομικοί, οι οποίοι δεν εφάρμοσαν τον νόμο.

Ο ηγούμενος του Βατοπεδίου είναι υπόδικος για 3 κακουργήματα για το σκάνδαλο του Βατοπεδίου, ενώ έχει καταδικαστεί και σε 10 μήνες φυλάκιση για τις παρεμβάσεις του στην πρόεδρο του δικαστηρίου που εκδίκαζε το θέμα της ιδιοκτησίας της Βιστωνίδας.