Σύμφωνα με δημοσίευμα του Real.gr, η Κομισιόν διενήργησε έρευνα τον Οκτώβριο του 2014 για τις αγροτικές ενισχύσεις, διαπιστώνοντας πως η εφαρμογή του συστήματος πολλαπλής συμμορφώσεως δεν ήταν σύμφωνη με τους κανόνες της Ένωσης κατά τα έτη υποβολής αιτήσεων 2012, 2013 και 2014 στο πλαίσιο του ΕΓΤΕ και του ΕΓΤΑΑ. 
 
Σημειώνεται πως η Κομισιόν καθορίζει τους όρους και τους κανόνες που εφαρμόζονται στη χρηματοδότηση των δαπανών στο πλαίσιο της Κοινής Γεωργικής Πολιτικής (ΚΓΠ), με δύο ταμεία. Συγκεκριμένα, το Ευρωπαϊκό Γεωργικό Ταμείο Εγγυήσεων (ΕΓΤΕ) και το Ευρωπαϊκό Γεωργικό Ταμείο Αγροτικής Ανάπτυξης (ΕΓΤΑΑ). Το ΕΓΤΕ χρηματοδοτεί τις δαπάνες για τον τομέα των αγορών και το ΕΓΤΑΑ τα προγράμματα αγροτικής ανάπτυξης.
 
Όπως αναφέρει το ίδιο δημοσίευμα, η Ευρωπαϊκή Επιτροπή διαπίστωσε ότι: 
 
  1. κατά τους επιτόπιους ελέγχους έλειπαν ορισμένα στοιχεία που αφορούσαν την κανονιστική απαίτηση διαχείρισης (ΚΑΔ) για τη διατήρηση των άγριων πτηνών,
  2. ότι, οι ελάχιστες απαιτήσεις σχετικά με τη χρήση λιπασμάτων και φυτοπροστατευτικών προϊόντων δεν ελέγχθηκαν κατά το έτος υποβολής αιτήσεων 2012, 
  3. ότι ο πίνακας αξιολογήσεως της έκθεσης ελέγχου δεν έδινε εναλλακτικές επιλογές στον επιθεωρητή όσον αφορά τη διαφοροποίηση των κυρώσεων αναλόγως της σοβαρότητας, της εκτάσεως και του διαρκούς χαρακτήρα της παραβάσεως (π.χ. για την ασφάλεια των τροφίμων) με αποτέλεσμα οι επιθεωρητές να μην έχουν τη δυνατότητα να λάβουν υπόψη τις ιδιαίτερες περιστάσεις κάθε περίπτωσης παράβασης καθώς, επίσης, 
  4. ότι σχετικά με το δείγμα ελέγχου που επέλεξε ο οργανισμός πληρωμών το 2012, τα κριτήρια ανάλυσης κινδύνου στο πλαίσιο των καθεστώτων άμεσης στήριξης για τους γεωργούς δεν ήταν κατάλληλα, δεδομένου ότι δεν ήταν αρκούντως συγκεκριμένα και δεν κάλυπταν το μεγαλύτερο μέρος των οικείων απαιτήσεων και προτύπων.
 
Κατά τις ίδιες πληροφορίες, καθώς το ύψος του ποσού του υπολογιζόμενου κινδύνου δεν υπήρχε συμφωνία, η Κομισιόν εφάρμοσε τελικά κατ' αποκοπή και εφάπαξ διορθώσεις, συνολικού ύψους 1.182.054,17 ευρώ, βάσει της εκτελεστικής της απόφασης (ΕΕ) 2017/1144. Κατά της απόφασης προσέφυγε η Ελλάδα, με στόχο την ακύρωσή της κατά το μέρος της επιβολής των παραπάνω δημοσιονομικών διορθώσεων, ωστόσο η προσφυγή έπεσε στο κενό.
 
Το Γενικό Δικαστήριο, στην απόφασή του εκτιμά πως η Επιτροπή ορθώς έκρινε αναποτελεσματικούς τους επίμαχους ελέγχους, αναφορικά με τη διακρίβωση της τήρησης όλων των υποχρεώσεων εκ της ΚΑΔ και την τήρηση των ελάχιστων απαιτήσεων σχετικά με τη χρήση λιπασμάτων και φυτοπροστατευτικών προϊόντων. Ακόμη, υπογράμμισε πως δεν μπορεί να προσαφθεί στην Επιτροπή ότι δεν αιτιολόγησε επαρκώς την προσβαλλόμενη απόφαση ούτε ότι παραβίασε την αρχή της αναλογικότητας. Η ίδια απόφαση αναφέρει πως «η Επιτροπή δεν υπέπεσε σε πλάνη εκτιμήσεως όσον αφορά τη δημοσιονομική διόρθωση λόγω αδυναμιών στην ανάλυση κινδύνου και ότι δεν ήταν υποχρεωμένη να εκθέσει αναλυτικότερη αιτιολογία σχετικά την απόρριψη των προτάσεων υπολογισμού και των στοιχείων εκτιμήσεως που προσκόμισαν οι ελληνικές αρχές».