Η Γενική Γραμματεία Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής είναι μεταξύ των υπό κατάργηση οργανικών μονάδων που προβλέπει το σχέδιο νόμου για την «αναδιοργάνωση υπουργείων και Νομικών Προσώπων Δημοσίου Δικαίου» που κατατέθηκε στη Βουλή.
Στη Γενική Γραμματεία Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής απασχολούνται συνολικά 108 άτομα, τα οποία δύο μήνες μετά την έκδοση του ΠΔ που θα ρυθμίζει τα περί κατάργησης και θα εκδοθεί σε ένα μήνα από την ψήφιση του νόμου, θα δίνει την δυνατότητα σε όποιον επιθυμεί, κατόπιν αιτήσεώς του, είτε να μεταφερθεί στη Αποκεντρωμένη Διοίκηση Αιγαίου είτε στην Περιφέρεια Βορείου Αιγαίου. Επίσης, οι εργαζόμενοι, μπορούν να ζητήσουν να υπηρετήσουν στα υπουργεία στα οποία μεταφέρονται οι αρμοδιότητες της Γενικής Γραμματείας Αιγαίου. Ειδικότερα οι αρμοδιότητες της Γενικής Γραμματείας Αιγαίου μεταφέρονται στα κεντρικά Υπουργεία όπως για παράδειγμα οι αρμοδιότητες του Συμβουλίου Χωροταξίας, Οικισμού και Περιβάλλοντος (ΣΧΟΠ) στο ΥΠΕΚΑ, των άγονων γραμμών στο υπουργείο Ανάπτυξης κλπ.