Με κατάθεσή του στον Ανακριτή Λάρισας, ο Φίλιππος Τσαλίδης, ο οποίος ήταν Διευθύνων Σύμβουλος της ΤΡΑΙΝΟΣΕ από τον Μάρτιο του 2016 ως τις 14 Σεπτεμβρίου του 2021, όπως αποκαλύπτουν το News247.gr και οι δημοσιογράφοι Κώστας Κουκουμάκας και Μάνος Φραγκιουδάκης, επιβεβαίωσε πως η εποπτεία του Οργανισμού γίνεται από το υπουργείο Μεταφορών, τονίζοντας πως «κατά τη διάρκεια της θητείας μου συνομιλούσα με τον εκάστοτε Γενικό Γραμματέα Μεταφορών και τον εκάστοτε Υπουργό».
Όπως κατάθεσε στον ανακριτή, υποστήριξε πως είχε στείλει στο υπουργείο επιστολή στις 6 Σεπτεμβρίου του 2021, όταν υπουργός ήταν ο Κώστας Αχ. Καραμανλής, με την οποία ενημέρωνε «για την κατάσταση του δικτύου».
«Ανακριτής: Κατά τη διάρκεια της θητείας σας είχατε ενημερώσει για την κατάσταση του δικτύου και όσα αναφέρετε στην από 6/9/21 επιστολή σας το υπουργείο Υποδομών και Μεταφορών;
Τσαλίδης: Ναι είχα κάνει ενημερώσεις, οι περισσότερες εκ των οποίων αφορούσαν την υποδομή. Οι ενημερώσεις γίνονταν είτε μέσω αλληλογραφίας είτε προφορικά.
Ανακριτής: Έχετε αποστείλει και άλλες τέτοιες επιστολές στον κ. Υπουργό, τους Γενικούς Γραμματείς του Υπουργείου;
Τσαλίδης: Απ’ όσο θυμάμαι είχα ξαναστείλει αντιστοίχου περιεχομένου επιστολές.
Ανακριτής: Λάβατε απαντήσεις σε αυτές τις επιστολές σας;
Τσαλίδης: Στις περισσότερες από αυτές δεν είχα λάβει απάντηση»
Ερωτώμενος από τον ανακριτή για την κατάσταση του δικτύου επί των ημερών του, για την οποία ενημέρωνε το υπουργείο, ο Τσαλίδης είπε: δε γινόταν καταγραφή των συρμών σε πραγματικό χρόνο, δεν φαινόταν η κίνηση του κάθε συρμού ανά κατεύθυνση, δεν λειτουργούσε το σύστημα GSM-R, και παρά το γεγονός πως είχαν εγκατασταθεί συστήματα ΕTCS, δε λειτουργούσαν γιατί αυτό προϋποθέτει ολοκληρωμένο σύστημα σηματοδότησης.