Στο Συμβούλιο της Επικρατείας προσέφυγαν, μεταξύ άλλων, η Ιερά Μητρόπολης Πειραιά, ο Μητροπολίτης Πειραιά Σεραφείμ Μεντζελόπουλος, η «Πανελλήνια ‘Ενωσις Θεολόγων» ζητώντας να ακυρωθεί ο νέος οργανισμός του υπουργείου Παιδείας (Π.Δ. 18/2018), κατά το σκέλος εκείνο που αφαιρέθηκε από την αποστολή του εν λόγω υπουργείου η «ανάπτυξη της θρησκευτικής συνείδησης».

Ο νέος οργανισμός του υπουργείου Παιδείας, ο οποίος καθορίζει τους σκοπούς, τους στόχους, τις αρμοδιότητες και την οργάνωση γενικότερα του υπουργείου, στο πρώτο του άρθρο μεταβάλει την αποστολή του υπουργείου Παιδείας σε σχέση με το προγενέστερο καθεστώς, στο θέμα της ανάπτυξης της θρησκευτικής συνείδησης, γεγονός που έχει προκαλέσει αντιδράσεις από κύκλους της εκκλησίας.
 
Τελευταία αντίδραση ήταν η προσφυγή στο ΣτΕ από την Ιερά Μητρόπολη Πειραιά, τον Μητροπολίτη Πειραιά Σεραφείμ  και  την «Πανελλήνια ‘Ενωση Θεολόγων» ζητώντας να ακυρωθεί ο νέος οργανισμός
 
Υπενθυμίζεται, ότι προ δεκαημέρου κατά του νέου οργανισμού του υπουργείου Παιδείας είχε καταθέσει ανάλογη αίτηση ακύρωσης στο ΣτΕ, η Εκκλησία της Ελλάδος.
 
Ο παλαιός οργανισμός του υπουργείου Παιδείας (Π.Δ. 114/2014), μεταξύ των άλλων, ανέφερε ότι αποστολή του υπουργείου είναι «η προαγωγή της παιδείας με σκοπό την ηθική, πνευματική, επαγγελματική και φυσική αγωγή των Ελλήνων, την ανάπτυξη της εθνικής και θρησκευτικής συνείδησης και την διάπλασή τους σε ελεύθερους και υπεύθυνους πολίτες».
 
Η Ιερά Μητρόπολης Πειραιά, υποστηρίζει ότι είναι αντίθετη τόσο στο άρθρο 16 του Συντάγματος, όσο και στην Ευρωπαϊκή Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου (ΕΣΔΑ), η παράλειψη του νέου οργανισμού του υπουργείου Παιδείας να εντάξει την ανάπτυξη της θρησκευτικής συνείδησης στους σκοπούς του υπουργείου. Ακόμη, αναφέρει ότι σύμφωνα με το Σύνταγμα η «κρατική αποστολή της θρησκευτικής εκπαίδευσης των νέων αφορά σε μείζονα βαθμό τα μέλη της Εκκλησίας της Ελλάδος».