Στην ανακοίνωση που εξέδωσε το υπουργείο Οικονομικών λίγο μετά την παραγγελία του οικονομικού εισαγγελέα αναφέρεται επίσης:
«Μετά την παραγγελία του κ. Γρ. Πεπόνη να ασκηθεί ποινική δίωξη σε βαθμό κακουργήματος κατά του Γενικού Γραμματέα Φορολογικών και Τελωνειακών Θεμάτων του ΥΠΟΙΚ κ. Γιάννη Καπελέρη, γιατί εξέδωσε εγκύκλιο σχετική με τις εγγραφές στο σύστημα «ΗΦΑΙΣΤΟΣ» και την επιβολή προστίμων, ο Αντιπρόεδρος της Κυβέρνησης και Υπουργός Οικονομικών κ. Ευάγγελος Βενιζέλος, σε συνεννόηση με τον αρμόδιο Αναπληρωτή Υπουργό Οικονομικών κ. Π. Οικονόμου, ζήτησε από τον κ. Καπελέρη να υποβάλει την παραίτηση του προκειμένου να διευκολυνθεί η σχετική δικαστική έρευνα.
Σημειώνεται πάντως ότι, κατά την τελευταία συνεδρίαση της Εθνικής Επιτροπής κατά της Φοροδιαφυγής, επειδή οι υπηρεσίες της Γενικής Γραμματείας Φορολογικών και Τελωνειακών Θεμάτων είχαν προτείνει την νομοθετική ρύθμιση του θέματος αυτού, θεωρώντας ότι δεν σχετίζεται με πράξεις λαθρεμπορίας, ο υπουργός Οικονομικών είχε ζητήσει από την Γενική Γραμματεία Φορολογικών και Τελωνειακών Θεμάτων -παρουσία του οικονομικού εισαγγέλεα Γ.Πεπόνη- να διασταυρώσουν τα στοιχεία με την Ελληνική Αστυνομία και ιδίως την Υποδιεύθυνση Οικονομικού Εγκλήματος και τη Γενική Γραμματεία Εμπορίου, που ασχολούνται επίσης με θέματα λαθρεμπορίας καυσίμων, προκειμένου να μην αφεθεί κανένα απολύτως περιθώριο διαφυγής σε πρατηριούχους καυσίμων που εντάσσονται στο σύστημα «ΗΦΑΙΣΤΟΣ» και εμπλέκονται σε υποθέσεις λαθρεμπορίας καυσίμων».