Συγκεκριμένα την Τρίτη ο Διακόπουλος ερωτηθείς εάν το πλοίο έχει κάνει έρευνες απάντησε θετικά λέγοντας: «Ναι, έχει κάνει έρευνες, για να μην κοροϊδευόμαστε. η όλη του κίνηση μέχρι τώρα δείχνει ότι δεν ήταν αυτή η βασική του επιλογή, δεν ήταν αυτός ο πραγματικός σκοπός. Τις πρώτες μέρες δεν είχε κάνει καθόλου έρευνες». «Όταν εμείς εδώ σηκώσαμε και στα μέσα ότι δεν κάνει έρευνες, βγήκε λίγο εκτός, άπλωσε καλώδια, επέστρεψε. έκανε κάποιες έρευνες, κάποια στιγμή σήκωσε λίγο καιρό, σταμάτησε τις έρευνες» πρόσθεσε.
Εν συνεχεία και έπειτα από αντιδράσεις ο ίδιος προχώρησε σε διευκρινιστική δήλωση υποστηρίζοντας τα εξής: «Καταρχάς, σημείωσα ότι δεν θα αναφερθώ στην τακτική κατάσταση και ότι αυτή δεν είναι η αρμοδιότητά μου. Ως εκ τούτου, θα ήθελα να διευκρινίσω ότι η αναφορά μου αφορούσε “προσπάθεια” ερευνών, σύμφωνα και με τους τουρκικούς ισχυρισμούς, όχι όμως, “πραγματοποίηση”, με προφανή στόχο την επίδειξη σημαίας στην περιοχή της παράνομης τουρκικής NAVTEX. .Διευκρίνισα επίσης πως επιχείρησε να διεξάγει έρευνες και διέκοψε, εφόσον εξαρχής ο πραγματικός στόχος της Τουρκίας δεν ήταν η πραγματοποίηση σεισμικών ερευνών. Η Ελλάδα έχει τη στρατηγική και διπλωματική πρωτοβουλία και διαμορφώνει τις εξελίξεις με τις κινήσεις της».
Το βράδυ της Τετάρτης ανακοινώθηκε ότι ο Διακόπουλος υπέβαλε την παραίτησή του στον Κυριάκο Μητσοτάκη.
«Η χθεσινή δήλωσή μου προκάλεσε σύγχυση και δημιούργησε πρόβλημα στον Πρωθυπουργό και την Κυβέρνηση, κάτι που σε καμία περίπτωση δεν αποτελούσε πρόθεσή μου.Έχω υπηρετήσει την πατρίδα επί δεκαετίες κι έχω μάθει πάντα να αναλαμβάνω τις ευθύνες μου. Ως εκ τούτου υποβάλλω την παραίτησή μου από τη θέση του Συμβούλου Εθνικής Ασφαλείας του Πρωθυπουργού. Θα συνεχίσω να βοηθώ την πατρίδα και την κυβέρνηση με όποιο τρόπο μπορώ, όπως έκανα μέχρι τώρα», δήλωσε.
Ο Κυριάκος Μητσοτάκης έκανε δεκτή την παραίτηση και ευχαρίστησε τον κ. Διακόπουλο για τις υπηρεσίες του.