Το σύστημα (ECS) αντικαθιστά στο σύνολό του τον έως σήμερα εφαρμοζόμενο τρόπο διεξαγωγής των τελωνειακών διαδικασιών και διατυπώσεων της εξαγωγής (περιλαμβάνονται και οι εφοδιασμοί πλοίων και αεροσκαφών με κοινοτικά εφόδια), της προσωρινής εξαγωγής και επανεξαγωγής, κυρίως σε ό,τι αφορά τον τρόπο επικοινωνίας μεταξύ του τελωνείου και των εμπλεκομένων στις διατυπώσεις εξαγωγής προσώπων.

 
Συγκεκριμένα, οι σημαντικότερες αλλαγές που επέρχονται είναι οι ακόλουθες:
1. Η υποβολή εγγράφων στο Τελωνείο από τους συναλλασσόμενους, αντικαθίσταται από την επικοινωνία δια μέσου ηλεκτρονικών μηνυμάτων σε όλες τις φάσεις του καθεστώτος εξαγωγής.
 
2. Οι απαιτούμενες δηλώσεις των συναλλασσομένων που κατατίθενται στο τελωνείο (διασαφήσεις εξαγωγής) καθώς και αιτήματα όπως η ακύρωση ή η διόρθωση της διασάφησης εξαγωγής, θα κατατίθενται πλέον ηλεκτρονικά.

3. Οι αποφάσεις του τελωνείου (π.χ. απόφαση για έλεγχο, για άδεια παραλαβής για εξαγωγή, για έξοδο, επιβεβαίωση εξόδου), θα γνωστοποιούνται στον συναλλασσόμενο ηλεκτρονικά.

4. Η ηλεκτρονική υποβολή της διασάφησης εξαγωγής πραγματοποιείται εντός καθορισμένων από τις διατάξεις προθεσμιών, πριν την αναχώρηση του μέσου μεταφοράς ή πριν την φόρτωση των εμπορευμάτων στο μέσο μεταφοράς που διέρχεται τα σύνορα.
 
5. Η ηλεκτρονική επικοινωνία μεταξύ τελωνείου και οικονομικού φορέα καταργεί την υποχρέωση της δια ζώσης επικοινωνίας μεταξύ συναλλασσόμενου και τελωνειακού υπαλλήλου.

Σύμφωνα με το υπουργείο Οικονομικών, με την εφαρμογή της νέας υπηρεσίας, διευκολύνεται το εξαγωγικό εμπόριο, μειώνονται τα περιθώρια απάτης και ενισχύονται οι δυνατότητες προγραμματισμού και στόχευσης των ελέγχων από τις αρμόδιες αρχές.