Ακόμη, προβλέπει την επιλογή και μεταφορά τουλάχιστον 3.500 υποθέσεων, από την Ειδική Γραμματεία του Σώματος Δίωξης Οικονομικού Εγκλήματος στη Γενική Γραμματεία Δημοσίων Εσόδων. Εξ αρχής είχε αποσαφηνισθεί πως ο αριθμός των μεταφερόμενων υποθέσεων προτεραιότητας δεν μπορεί να υπερβεί τις 4.020.
Όσον αφορά στις υποθέσεις για τις οποίες έχουν εκδοθεί εκθέσεις ελέγχου, αλλά δεν έχουν προχωρήσει οι καταλογιστικές πράξεις στη φορολογική και τελωνειακή διοίκηση, θα θεωρούνται απλώς δελτία πληροφοριών, τα οποία θα αξιοποιηθούν αναλόγως από την Γενική Γραμματεία Δημόσιων Εσόδων.
Σημειώνεται πως η κυβέρνηση προχώρησε ήδη στην κατάργηση των 500 από το σύνολο των 730 οργανικών θέσεων του ΣΔΟΕ, μεταφέροντας το προσωπικό στην ΓΓΔΕ.