Με το νόμο 4389/2017 (επείγουσες διατάξεις για την εφαρμογή της συμφωνίας δημοσιονομικών στόχων και διαρθρωτικών μεταρρυθμίσεων) προβλέφθηκε η σύσταση της ΑΑΔΕ και από η 1.1.2017 τέθηκε σε λειτουργία.
Σύμφωνα με το ΑΠΕ-ΜΠΕ, στο ΣτΕ προσέφυγαν η Πανελλήνια Ομοσπονδία Εργαζομένων στις Δημόσιες Οικονομικές Υπηρεσίες, η Ομοσπονδία Τελωνειακών Υπαλλήλων Ελλάδος, η Ομοσπονδία Συλλόγων Υπουργείου Οικονομικών και 6 πρώην υπάλληλοι του υπουργείου Οικονομικών και νυν υπάλληλοι της ΑΑΔΕ.
 
Οι παραπάνω ζητούν από το ΣτΕ να ακυρωθεί ως αντισυνταγματικός και παράνομος ο οργανισμός της ΑΑΔΕ, που εκδόθηκε με την υπ’ αριθμ. Δ. ΟΡΓ. Α 1036960/2017 απόφαση της Αρχής που υπογράφεται (10.3.2017) από τον διοικητή της, Γεώργιο Πιτσιλή, ενώ ταυτόχρονα προσβάλλουν και το νόμο 4389/2017.
 
Οι συνδικαλιστικές οργανώσεις αναφέρουν ότι η σύσταση της επίμαχης ανεξάρτητης Αρχής παραβιάζει τα άρθρα 82, 84 και 86 του Συντάγματος, καθώς δεν μπορεί να τις καταλογιστεί πολιτική ευθύνη, όπως αναγνωρίζεται από το κοινοβουλευτικό σύστημα στα μέλη της κυβέρνησης. Συνεπώς, οι αρμοδιότητες της Αρχής -σε αντίθεση με τις συνταγματικές επιταγές- την καθιστούν φορέα, στην ουσία, νομοθετικής εξουσίας, που υποκαθιστά εν τέλει την κυβέρνηση.
 
Ακόμη αναφέρουν, ότι η ανάθεση στην Αρχή, αρμοδιοτήτων που εμπίπτουν στον στενό κρατικό πυρήνα της κρατικής εξουσίας, πλέον του ότι είναι αντισυνταγματική και αντίθετη στην νομολογία του ΣτΕ, μεταφράζεται στο ότι δεν μπορεί να ελεγχθεί από τα αρμόδια υπουργεία, δεν λογοδοτεί και δεν έχει ευθύνες, παρά τις περί του αντιθέτου προβλέψεις του κοινοβουλευτικού συστήματος και της εκτελεστικής εξουσίας.
 
Παράλληλα, αναφέρουν ότι ο οργανισμός της εν λόγω Αρχής είναι αντισυνταγματικός (αντίθετος στο άρθρο 43 του Συντάγματος), καθώς έπρεπε να εκδοθεί με σχετικό Προεδρικό Διάταγμα και όχι με απόφαση του διοικητή της, όπως έγινε τώρα, ενώ επισημαίνουν ότι από την μεταφορά τους από το υπουργείο, τα τελωνεία, κλπ στην επίμαχη Αρχή, υπέστησαν δυσμενή υπηρεσιακή μεταβολή, λόγω των νέων διαρθρώσεων που υπάρχουν εκεί, στον τρόπο επιλογής και τοποθέτησης των προϊσταμένων, ενώ διαφοροποιούνται προς το δυσμενέστερο η υπηρεσιακή εξέλιξη και αξιολόγησή τους, κ.λπ.