Οι πανεπιστημιακοί τονίζουν ότι τα προβλήματα απορρέουν από την ψήφιση του Μεσοπρόθεσμου Πλαισίου, από την προώθηση καταργήσεων και συγχωνεύσεων φορέων του Δημοσίου και από τον προϋπολογισμό.
Ειδικότερα, οι καθηγητές Πανεπιστημίων και ΤΕΙ, καθώς και οι Έλληνες ερευνητές, αναφέρουν σχετικά με το σχέδιο «Αθηνά» για τις συγχωνεύσεις σχολών και τμημάτων, ότι το υπουργείο έχει θέσει «ασφυκτικές προθεσμίες, χωρίς να δημοσιοποιεί κριτήρια και διαδικασίες, ενώ εμφανίζονται μόνο σχετικές “διαρροές” στον Τύπο και σημαντικά ποσά (πολλών δεκάδων εκατομμυρίων ευρώ), που κόβονται από τον προϋπολογισμό 2013, λόγω της αναδιάρθρωσης των ΑΕΙ».