Η κακουργηματική δίωξη κατ' αγνώστων ασκήθηκε από την εισαγγελέα Πρωτοδικών κυρία Σωτηρία Παπαγεωργακοπούλου, κατόπιν παραγγελίας του Εισαγγελέα Εφετών κ. Γρηγόρη Πεπονή.
Η τρίτη κατά σειρά έρευνα από τις εισαγγελικές αρχές για την υπόθεση ξεκίνησε τον Νοέμβριο του 2017, αμέσως μετά την ομόφωνη καταδίκη της Ελλάδας από το Ευρωπαϊκό Δικαστήριο Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων (ΕΔΑΔ) για πλημμελή έρευνα για τα αίτια του θανάτου του, δικαιώνοντας τα μέλη της οικογένειας του που είχαν προσφύγει σε αυτό κι επιδικάζοντάς τους αποζημίωση 50.000 ευρώ, συν 4.000 τα δικαστικά έξοδα.
Όπως είχε κρίνει τότε το Ευρωπαϊκό Δικαστήριο οι ελληνικές αρχές δεν είχαν πραγματοποιήσει «επαρκή και αποτελεσματική έρευνα» για την διερεύνηση των αιτίων θανάτου του Τσαλικίδη και διαπίστωσε ότι οι αρχές βιάσθηκαν να κλείσουν την συμπληρωματική έρευνα, αναφέροντας απλώς τα σχετικά βήματα που είχαν κάνει και παραπέμποντας σε νέες εκθέσεις, χωρίς να υπεισέλθουν σε σημαντικές λεπτομέρειες.
Είχαν προηγηθεί μια εισαγγελική και μια κυρία έρευνα, οι οποίες κατέληξαν στο αρχείο δεχόμενες ότι ο θάνατος του Τσαλικίδη ήταν αυτοκτονία και δεν συνδέονταν με το σκάνδαλο των υποκλοπών. Την πρώτη έρευνα είχε διενεργήσει ο τότε εισαγγελέας κ. Ιωάννης Διώτης και τη δεύτερη ο εισαγγελέας Χαρ. Λακαφώσης.
Ο Τσαλικίδης βρέθηκε κρεμασμένος στο σπίτι του, στις 9 Μαρτίου του 2005 και ο θάνατος του αποδόθηκε από τις ελληνικές αρχές (βιαστικά, όπως φαίνεται) σε αυτοκτονία. Ωστόσο, σχετικές εκθέσεις εμπειρογνωμόνων έδειξαν ότι αφενός δεν υπήρχε αυτοκτονικό κίνητρο, αφετέρου στο σώμα του δεν υπήρχαν τα συνήθη τραύματα που παρατηρούνται σε περιπτώσεις απαγχονισμού (π.χ. σημάδια από το σκοινί στο λαιμό του θύματος). Το ΕΔΑΔ εντόπισε ασυνέπειες μεταξύ των ερευνών για τα αίτια θανάτου του, που πραγματοποιήθηκαν το 2005 (η πρώτη) και το 2012-2014 δεύτερη, ενώ κατακρίνει την Ελλάδα για το γεγονός ότι δεν παρενέβη εισαγγελέας και δεν διατάχθηκε νέα διερεύνηση της υπόθεσης.
Όπως αναφέρεται στην απόφαση:
«Δεν διερευνήθηκαν και άλλες ανακρίβειες, όπως η χτυπητή αντίθεση στα συμπεράσματα ανάμεσα στην ιατροδικαστική έκθεση στην προκαταρκτική και τη συμπληρωματική έρευνα, η έλλειψη κίνητρου για αυτοκτονία και το σπασμένο οζώδες οστό, εύρημα που παραπέμπει σε στραγγαλισμό. Δεν είναι ξεκάθαρο με βάση ποια λογική ο Εισαγγελέας δεν άσκησε δίωξη ούτε ζήτησε περαιτέρω έρευνα καθώς και η απόφασή του να κλείσει την έρευνα.
Για να καταλήξει σε αυτό το συμπέρασμα, το δικαστήριο έλαβε κυρίως υπόψη ότι ο εισαγγελέας, κατά την αρχική έρευνα, είχε αναφέρει ότι ο θάνατος είχε συνδεθεί αιτιωδώς με την υπόθεση των υποκλοπών. Για το λόγο αυτό ήταν πολύ σημαντικό να ληφθούν όλα τα απαραίτητα μέτρα για να διερευνηθεί ο θάνατος του Κώστα Τσαλικίδη»
«Αυτοκτονία» μία μέρα πριν το σκάνδαλο
Ο Κώστας Τσαλικίδης εργαζόταν στη Vodafone επί 11 χρόνια και από το 2001 είχε προαχθεί σε υπεύθυνο δικτύου. Η «αυτοκτονία» του έχει συνδεθεί με το σκάνδαλο των υποκλοπών που απασχόλησε, λίγους μήνες μετά, την κοινή γνώμη, σύνδεση που έγινε ακόμα πιο έντονη, όταν αποκαλύφθηκε ότι μόλις μία μέρα μετά τον θάνατο του Τσαλικίδη, ο τότε πρωθυπουργός, Κώστας Καραμανλής, ενημερώθηκε για πρώτη φορά για παρακολουθήσεις του ίδιου, στελεχών της κυβέρνησής του, πολιτικών δημοσιογράφων κι επιχειρηματιών, με όχημα ένα παράνομο λογισμικό στο σύστημα της Vodafone. Όπως αναφέρεται και στην απόφαση του ΕΔΑΔ, «προκαταρκτική εξέταση αποκάλυψε το 2006 ότι ο μηχανισμός των υποκλοπών είχε εμφυτευτεί σε λογισμικό που είχε προμηθευτεί ο τηλεφωνικός πάροχος για τον οποίον εργαζόταν ο Τσαλικίδης από άλλη εταιρεία τηλεπικοινωνιών. Ο Τσαλικίδης ήταν υπεύθυνος για την αποδοχή του λογισμικού και συναντιόταν τακτικά με τους εκπροσώπους της άλλης εταιρείας.»
To παράνομο λογισμικό είχε αφαιρεθεί από τα συστήματα της Vodafone μία ημέρα πριν το θάνατο του Τσαλικίδη, στις 8 Μαρτίου του 2005, ενώ συν τοις άλλοις, ο Τσαλικίδης την ίδια μέρα είχε ενημερωθεί για την υπόθεση των υποκλοπών, σε μια συνεδρίαση στελεχών της Vodafone που δεν κρατήθηκαν πρακτικά.
Μάλιστα, όπως ανέφεραν εφημερίδες εκείνη την περίοδο, περίπου έναν μήνα πριν από τον θάνατό του, είχε αναφέρει στη σύντροφό του ότι πρέπει να φύγει από τη Vodafone γιατί «είναι ζήτημα ζωής και θανάτου». Λίγες εβδομάδες πριν από την 9η Μαρτίου τής είχε αναφέρει ότι «υπήρχε κίνδυνος να κλείσει η Vodafone».
Τον Φεβρουάριο του 2006 τρεις υπουργοί της κυβέρνησης, οι Θ. Ρουσόπουλος, Γ. Βουλγαράκης και Αν. Παπαληγούρας σε συνέντευξη Τύπου ενημερώνουν την κοινή γνώμη για ένα «σοβαρό ζήτημα εθνικής ασφάλειας», την υπόθεση των υποκλοπών. Αποκαλύφθηκε πως μέσω ειδικού λογισμικού που είχε εγκατασταθεί στην εταιρία, παρακολουθούνταν την περίοδο 2004-05 περίπου 100 τηλέφωνα με τη χρήση 14-16 καρτοκινητών “τηλεφώνων-σκιών”, τα οποία κατέγραφαν τις συνομιλίες γύρω από την αμερικανική πρεσβεία.
Η υπόθεση όμως πέρασε στο αρχείο το 2008. Ανασύρθηκε δύο χρόνια μετά, με την εμφάνιση νέων στοιχείων σχετικά με την εμπλοκή της Αμερικανικής Υπηρεσίας Ασφαλείας (NSA), χωρίς ωστόσο να διαλεκυνθούν οι συνθήκες του θανάτου του Τσαλικίδη.