Η σημαντικότερη ρύθμιση αφορά τη νομική προσωπικότητα των Εκκλησιών. Με βάση το προηγούμενο καθεστώς, Νομικά Πρόσωπα Δημοσίου Δικαίου ήταν μόνο η Εκκλησία της Ελλάδος και οι εβραϊκές κοινότητες για ιστορικούς λόγους. Οι μουφτήδες ανήκαν στην κατηγορία των δημόσιων υπηρεσιών και όλες οι υπόλοιπες Εκκλησίες ήταν Νομικά Πρόσωπα Ιδιωτικού Δικαίου, δηλαδή σωματεία.
 
Με τη νέα ρύθμιση, η Εκκλησία της Ελλάδος, οι εβραϊκές κοινότητες και οι μουφτήδες διατηρούν το νομικό τους καθεστώς, ενώ οι υπόλοιπες Εκκλησίες θα υπαχθούν στο καθεστώς των θρησκευτικών νομικών προσώπων.
 
«Η Εκκλησία της Ελλάδος, όπως και το Άγιον Ορος είχαν θέμα με τα μετόχια. Το ξεπεράσαμε» είπε σχετικά ο κ. Λοβέρδος. Σημείωσε ότι ακούστηκαν πολλές «οπισθοδρομικές φωνές» στο ίδιο θέμα. 
 
«Σε μία δημοκρατία πρέπει να ακούγονται όλοι. Εμείς σεβόμαστε ακόμη και τις άκρες φωνές» ανέφερες. Έτσι, πλέον θρησκευτικό νομικό πρόσωπο μπορεί να γίνει οποιαδήποτε οργάνωση πληροί τις προϋποθέσεις του Συντάγματος και εφόσον έχει τουλάχιστον 300 μέλη με σχετική αίτηση στο Πρωτοδικείο. 
 
Οι μεγάλες Εκκλησίες πάντως, όπως η Καθολική, η Ευαγγελική ή των Κοπτών, θα αναγνωριστούν ως θρησκευτικά νομικά πρόσωπα από τον νόμο και όχι μέσω της δικαστικής οδού. Ο Α. Λοβέρδος αναφέρθηκε ακόμη και στις φήμες περί κατάργησης της κωδωνοκρουσίας από τους ναούς ή του σταυρού από την ελληνική σημαία ξεκαθαρίζοντας ότι δεν υπάρχει απολύτως κανένα τέτοιο ενδεχόμενο.