Το ΣτΕ ακυρώνει την έγκριση του ΣΤΚ ως μη νόμιμη καθώς δεν έχει εκπονηθεί σχέδιο χρήσεων γης στην περιοχή ούτε μελέτη φέρουσας ικανότητας του νησιού. Το ΣτΕ σημειώνει επιπλέον ότι τα σχέδια χρήσεων γης πρέπει να είναι συμβατά με τον υπερκείμενο σχεδιασμό, ο οποίος στην περίπτωση της Ίου είναι το Περιφερειακό Πλαίσιο Νοτίου Αιγαίου (ΠΠΝΑ). Σύμφωνα με το ΠΠΝΑ, οι οικονομικές δραστηριότητες στα νησιά πρέπει να είναι ισορροπημένες και να μην υπάρχει μονόπλευρη εξάρτηση από τον τουρισμό. Πρέπει επιπλέον η τουριστική δραστηριότητα να λαμβάνει χώρα εντός οριοθετημένων περιοχών, και να συντάσσονται μελέτες χωρητικότητας που να λαμβάνουν υπόψη την κλίμακα της κάθε περιοχής, τους φυσικούς και ανθρώπινους πόρους, τις υποδομές, κλπ.
Η αίτηση ακύρωσης της άδειας στο ΣτΕ από κατοίκους και σωματεία είχε γίνει μετά από το χρονικό διάστημα των λίγων μηνών που ορίζει ο νόμος. Το ΣτΕ έκρινε όμως ότι τα στοιχεία της άδειας δεν είχαν δημοσιοποιηθεί επαρκώς κατά την διαδικασία της διαβούλευσης. Το ΣτΕ είχε μάλιστα απευθύνει προδικαστικό ερώτημα στο Ευρωπαϊκό Δικαστήριο (ΕΔ) για το ζήτημα αυτό, και το ΕΔ είχε εκφράσει την ίδια άποψη. Η απόφαση του ΣτΕ επιβάλλει ότι η δημόσια διαβούλευση για περιβαλλοντικά ζητήματα στο μέλλον θα πρέπει να γίνεται με τρόπο πιο διαφανή και με ουσιαστική πρόσκληση συμμετοχής στα εμπλεκόμενα μέρη.